林業署啟動「國土生態綠網建置計畫」，藉由串聯保護區外的野生動植物重要棲地，結合社區聚落，推動農業友善生產以維護「社會-生產-生態」的里山里海地景。而本計畫所選定的三芝水梯田，周邊多為雜木林、農田、房舍等，這種溼地環境往往是許多生物利用的棲地，對於遷徙性的候鳥，水生的各類動植物而言，面積不大的水梯田猶如鑽石般的珍貴。

　　20 多年前農友停用除草劑、化學農藥等後，曾吸引了 15 種蛙類的進駐，同時發現水生蛇類，水生昆蟲的種類也是相當豐富；植物部分則有水蘊草、野慈菇與台灣水莞等 30 幾種，可見此區水梯田的生物多樣性豐富度是極具潛力，也可說是有機蓮花田生產與生態保育結合的範例。